環境與能源學院（環能學院）組建于2009年，其前身為北京大學深圳研究生院環境與城市學院。環能學院面向國家生態文明建設、碳達峰與碳中和、粵港澳大灣區發展等重大戰略需求，建設以資源效率不斷提升為目標、河流海洋全物質通量研究為特色、多學科交叉融合為途徑的環境新工科，打造集基礎研究、技術攻關、市場應用與國家戰略決策支持于一體的減污降碳科技產業創新高地，培養引領未來環境科技和產業發展的高層次復合型人才，重點發展河流海洋生態環境、減污降碳環境技術、大氣污染區域防控等學科方向。

學院已經建立高水平國際化教學科研團隊40余人，包括教研系列11人、研究系列13人、博士后16人，其中外籍教職員工5人；在校碩士和博士研究生近200人。學院已建立的研究平臺包括：國家環境保護臭氧污染防治重點實驗室（深圳）、廣東省紅樹林工程技術研究中心、深圳城市人居環境科學與技術重點實驗室、深圳重金屬污染控制與資源化重點實驗室、深圳藻類新能源技術開發和應用工程實驗室、深圳再生復合環保材料工程實驗室、深圳太陽能與風能海水淡化關鍵技術工程實驗室、深圳節能減碳數據平臺及分析技術工程實驗室、深圳納米多孔水處理材料工程研究中心、環境與能源信息工程實驗室、雨水資源實驗室、深圳市藍天工程大氣超級站等。

為了更好地服務于國家生態文明建設、大河經濟帶生態環境保護與高質量發展、粵港澳大灣區協同發展以及碳中和等重大戰略的實施，2022年2月北京大學深圳研究生院與中交一公局集團有限公司聯合組建 “生態環境與資源效率研究實驗室”。該實驗室重點關注水土環境治理、生態修復、大江大河可持續管理、城市生態文明建設相關領域，致力解決新污染物、新環境材料、再生資源、綠色能源、先進環保裝備相關的瓶頸問題，積極開展資源高效利用、環境保護與治理、生態環境全要素監測、河流全物質通量調控與流域綜合治理、節能減污降碳協同治理相關研究，有效推進生態環境領域創新人才培養，服務國家與區域發展戰略的實施。