南京市委黨校于1950年2月正式成立，前身為成立于1949年7月的南京市委黨訓(xùn)班。1993年4月，市行政學(xué)院成立并與市委黨校實(shí)行“兩塊牌子、一套班子”的辦學(xué)體制，領(lǐng)導(dǎo)體制為校務(wù)委員會(huì)負(fù)責(zé)制。2006年9月，共青團(tuán)南京市委團(tuán)校并入市委黨校。
黨的十八大以來(lái)，南京市委黨校堅(jiān)持以習(xí)近平新時(shí)代中國(guó)特色社會(huì)主義思想為指引，認(rèn)真落實(shí)《黨校(行政學(xué)院)工作條例》及全國(guó)、省市黨校(行政學(xué)院)校(院)長(zhǎng)會(huì)議精神、《2018-2022干部教育培訓(xùn)規(guī)劃》相關(guān)要求，2018年起連續(xù)三年系統(tǒng)性推出“2058”強(qiáng)力工程(20項(xiàng)創(chuàng)新實(shí)干項(xiàng)目、58項(xiàng)具體工作任務(wù))，努力推動(dòng)實(shí)現(xiàn)南京黨校事業(yè)高質(zhì)量發(fā)展。