安徽省農(nóng)業(yè)科學院農(nóng)業(yè)工程研究所成立于2008年11月，前身為1995年7月成立的安徽省農(nóng)業(yè)科學院原子能農(nóng)業(yè)應用研究所，為省直農(nóng)業(yè)科研院所、獨立法人、公益一類事業(yè)單位，位于安徽省會合肥市。主要從事農(nóng)業(yè)微生物、農(nóng)業(yè)廢棄物資源化利用、農(nóng)業(yè)機械、農(nóng)業(yè)規(guī)劃與咨詢服務等方面的科學研究和技術服務，擁有國家發(fā)改委規(guī)劃咨詢乙級資質和乙級資信單位資格。現(xiàn)有科研人員33人，其中高級職稱18人，二級研究員1人、三級研究員2人，博士10人，享受國務院津貼2人、省政府津貼2人，安徽省學術和技術帶頭人3人，安徽省現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術體系崗位專家6人。

安徽省農(nóng)業(yè)科學院農(nóng)業(yè)微生物研究與應用創(chuàng)新團隊主要從事農(nóng)業(yè)微生物菌種選育與菌群構建、農(nóng)業(yè)廢棄物厭氧利用技術研究，現(xiàn)有職工7人，其中，高級以上職稱2人，博士3人。近三年來，團隊建立了安徽省農(nóng)業(yè)微生物省級菌種保藏管理中心、國家農(nóng)用微生物太和觀測試驗點等科研平臺，建立了厭氧微生物長期觀測點2處、肥效微生物長期觀測點1處；開發(fā)的秸稈發(fā)酵墊料生態(tài)養(yǎng)豬專用菌劑、高溫好氧堆肥菌劑在省內多地成功推廣；建設鄉(xiāng)村振興示范村2處；團隊牽頭組織了安徽省第一次農(nóng)業(yè)微生物種質資源普查和資源保護單位確認工作。

安徽省農(nóng)業(yè)科學院農(nóng)業(yè)裝備創(chuàng)新研發(fā)團隊現(xiàn)有成員6人，其中博士1人、碩士5人，高級職稱1人。團隊主要從事農(nóng)業(yè)機械與設施裝備優(yōu)化改進與設計研發(fā)。近年來，先后主持承擔了國家、省（部）級、市（廳）級等科研項目50余項；榮獲中華農(nóng)業(yè)科技獎二等獎2項，安徽省科技進步獎三等獎1項，省級科技成果2項；發(fā)表學術論文30余篇，授權國家專利35項，其中發(fā)明專利4項，獲得計算機軟件著作權13項；主持制定安徽省地方標準2項。