上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第九人民醫(yī)院的前身“伯特利醫(yī)院”創(chuàng)建于1920年，1952年更名為第九人民醫(yī)院，1964年正式成為上海第二醫(yī)科大學(xué)附屬第九人民醫(yī)院，2005年上海第二醫(yī)科大學(xué)與上海交通大學(xué)正式合并，改名為上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第九人民醫(yī)院（以下簡(jiǎn)稱(chēng)“九院”）。2015年10月，上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第三人民醫(yī)院整建制并入九院。
九院是經(jīng)上海市衛(wèi)生局核準(zhǔn)登記的政府主辦的非營(yíng)利性三級(jí)甲等綜合性醫(yī)院，是一所學(xué)科特色鮮明、具備一定臨床科技創(chuàng)新核心競(jìng)爭(zhēng)力、國(guó)內(nèi)知名的綜合性醫(yī)院。醫(yī)院現(xiàn)有南部院區(qū)（制造局路639號(hào)）、北部院區(qū)（漠河路280號(hào)）、浦東醫(yī)院（高科西路1908號(hào)）和浦東科教園區(qū)（錦尊路115號(hào)）4個(gè)院區(qū)。
九院總占地面積109畝，總建筑面積28萬(wàn)平方米。總核定床位數(shù)2150張，口腔綜合椅位1000張。臨床科室64個(gè)，其中醫(yī)技科室11個(gè)。全院職工4979人。2022年醫(yī)院門(mén)急診人次數(shù)為366多萬(wàn)人次，住院人次數(shù)9余萬(wàn)人次，住院手術(shù)操作人次數(shù)8余萬(wàn)人次，門(mén)診手術(shù)操作人次數(shù)11余萬(wàn)人次，平均住院日5.7天。
　九院擁有5位中國(guó)工程院院士，醫(yī)院現(xiàn)擁有國(guó)家口腔醫(yī)學(xué)中心1個(gè)，國(guó)家口腔疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心1個(gè)，國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科3個(gè)（口腔臨床醫(yī)學(xué)、整復(fù)外科、骨科）、國(guó)家重點(diǎn)培育學(xué)科1個(gè)（口腔基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)）、國(guó)家臨床重點(diǎn)專(zhuān)科9個(gè)（骨科、口腔頜面外科、牙體牙髓科、牙周病科、口腔修復(fù)科、眼科、整復(fù)外科、口腔正畸科、口腔黏膜病科）、上海市臨床重點(diǎn)專(zhuān)科8個(gè)、上海市教委IV類(lèi)“高峰學(xué)科”1項(xiàng)，上海市教委“高峰高原學(xué)科”建設(shè)項(xiàng)目1項(xiàng)，教育部211工程重點(diǎn)學(xué)科3個(gè)、上海市臨床醫(yī)學(xué)中心3個(gè)。復(fù)旦大學(xué)醫(yī)院管理研究所中國(guó)最佳醫(yī)院聲譽(yù)排行榜2021年度綜合排名全國(guó)第23位，整形外科全國(guó)第一，口腔醫(yī)學(xué)排名全國(guó)第三，耳鼻喉科排名全國(guó)第六，眼科排名第七。2021年度中國(guó)醫(yī)院科技量值研究排行榜醫(yī)院綜合排名全國(guó)第15位，整形外科學(xué)排名全國(guó)第一，口腔醫(yī)學(xué)排名全國(guó)第三，耳鼻咽喉科學(xué)排名全國(guó)第五，眼科學(xué)和骨科學(xué)排名全國(guó)第八。
九院現(xiàn)為上海交通大學(xué)口腔醫(yī)學(xué)院、上海交通大學(xué)九院臨床醫(yī)學(xué)院教學(xué)基地，現(xiàn)擁有31個(gè)教研室。23個(gè)國(guó)家住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)基地、2個(gè)國(guó)家專(zhuān)科醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)專(zhuān)科基地，及23個(gè)上海市專(zhuān)科醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)基地。截止2022年底，醫(yī)院現(xiàn)有博士生導(dǎo)師146名，碩士生導(dǎo)師199名，設(shè)有4個(gè)博士后流動(dòng)站，27個(gè)博士點(diǎn)、33個(gè)碩士點(diǎn)。醫(yī)院共有2個(gè)國(guó)家級(jí)研究基地，6個(gè)市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，上海精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究院，6個(gè)上海市專(zhuān)業(yè)技術(shù)服務(wù)平臺(tái)及3個(gè)上海市工程技術(shù)研究中心等研究平臺(tái)。
2022年，九院共獲縱向科研項(xiàng)目（課題）280項(xiàng)，共計(jì)科研經(jīng)費(fèi)1.6億元。其中，獲得國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目121項(xiàng)，立項(xiàng)數(shù)位列全國(guó)綜合性醫(yī)院第10位、上海市綜合性醫(yī)院第4位。
2021年度醫(yī)院共發(fā)表SCI論文812篇，排名全國(guó)醫(yī)療機(jī)構(gòu)第8位、上海市醫(yī)療機(jī)構(gòu)第3位。國(guó)際論文被引用篇數(shù)排名全國(guó)醫(yī)療機(jī)構(gòu)第16位、上海市第3位。中國(guó)卓越論文篇數(shù)469篇，排名全國(guó)醫(yī)療機(jī)構(gòu)第26位。2021年共中文核心期刊論文篇數(shù)614篇，中文核心期刊全國(guó)醫(yī)療機(jī)構(gòu)21名。